2005年4月，何妮燕从入校伊始，担任东华大学外语学院研究生专职辅导员，负责有关研究生思想教育的所有工作，其中包括研究生的党建。她指导研究生党支部书记培养发展党员，并精心组织开展研究生党员十个一活动，作为东华大学学生规模最小的学院，外语学院研究生党组织不甘示弱，工作有声有色，成果显著，在每年十个一考评中，均有支部和党员获奖。
2009年9月，何妮燕开始担任外语学院09级本科生辅导员，并分管学生党建和党校两个模块工作。她先后担任外语08、09级学生党支部以及09、10级学生党支部书记，开始全面负责外语学院的学生党建工作。在一年多的时间里，她深入思考如何提高基层党组织党建工作的成效，如何拓展党员教育平台，如何综合运用党内的各种资源为党员和积极分子们服务等问题，积极探索适合外语学院的学生党建工作模式与方法。首先，她以提高学生的思想素质为工作重点，严格把关学生党员的培养和发展，认真审核党员发展和转正材料，强调思想汇报的严肃性和重要性，引导学生通过思想汇报讲真话，表达自己的真实思想，建立联系人、支部书记、辅导员、学院党建老师层层审核负责制，对不符合要求的思想汇报坚决退回；其次，经常组织学生党支部书记开展工作探讨和交流，深入支部指导支部书记开好党员发展和转正大会，规范党员培养发展流程；第三，在“创先争优”活动中，组织学生党支部开展党员学习经验分享交流会，“一面党员一面旗”党员世博志愿者出征宣誓仪式以及学院优秀党员评比活动；第四，重视党员人文道德素质的培养，为学生党员购买政治、经济、历史、社会以及文学等方面的书籍，组织阅读并分享传阅，通过党员带动其他同学共同学习进步；第五，组织党员参加实践，服务社会，各党支部在世博会、上海国际电影节、上海电视节等志愿者活动中发挥模范带头作用，与泰晤士小镇党支部合作，共唱红歌，服务社区，一系列的社会实践也提升了党员服务社会的意识与本领；第六，创新学院党校入党积极分子培训班培训形式，将党员再教育与入党积极分子培训融合起来，指导学生支部书记为学员做讲座，安排党员参与党校讨论，组织党校学员观摩支部生活等，外语学院党校学员在多媒体展示汇报活动中多次取得佳绩。
经过一年多的摸索与实践，外语学院学生党建工作取得了长足的进步，加强了党员的道德建设，提高了党性修养；学生党员在学生中的威望有所提高，党员形象得到提升；将党员的先进性落实到具体的实际行动中，充分挖掘党内教育资源，拓展了党员再教育的平台和途径，丰富了组织生活形式。
从2005年入校至今，何妮燕一直担任外语学院党总支组织员，协助总支开展党建工作，配合总支落实科学发展观、创先争优等主题活动，做好党建资料的整理与党费收缴工作，并负责领导班子群众座谈会的开展、群众意见的搜集整理等。2010年开始担任外语学院党建网络信息员，负责学院党员基本信息、基层党组织信息、民主生活会、双结对、党支部党总支换届信息、党费缴纳信息等复杂数据的录入与维护。
作为一名党务工作者，何妮燕意识到政治理论水平对党建工作的重要性，因此，她认真学习邓小平理论和“三个代表”重要思想，2011年3月，参加东华大学党校青年干部培训班，进一步加强自身的理论学习。积极申报党建课题，获07-08年度东华大学党建研究课题三等奖。09-10年度获外语学院优秀党员。
作为一名辅导员，她热爱自己的本职工作，在辅导员岗位上工作了六年，从最开始负责外语学院全体研究生的思想政治教育工作，到现在带09级6个班136名本科生，她工作积极主动，脚踏实地，与时俱进，关心学生，关注学生的成长成才，做学生的良师益友，2007、2009年两次被评为优秀学生思想政治工作者。