甘杨兰教授

甘杨兰，1984年生，教授。主要研究方向为机器学习与智能算法、生物信息学、大数据分析、网络服务。主持了国家级和省部级等各类科研项目10余项，包括3项国家自然科学基金项目（面上2项、青年1项）、3项上海市自然科学基金项目（面上2项、青年1项）、1项上海市“晨光计划”人才项目和2项中央高校专项资金项目（重点1项、自由探索1项）等。已在研究领域的重要学术期刊和国际会议上发表高水平学术论文50余篇。2013年获得上海市优秀博士学位论文奖、2014年获得上海市“晨光计划”人才计划奖、2019年获得教育部自然科学二等奖。

研究方向：

1、 机器学习与智能算法

2、 生物信息学

3、 大数据分析

荣誉及获奖情况：

1、 上海市优秀博士学位论文奖，上海市教育委员会，2013

2、 上海市“晨光计划”人才计划奖，上海市教育委员会，2014

3、 教育部自然科学二等奖，面向生物组学数据的计算预测方法，2019

4、 东华大学“师德建设青年标兵”称号，2019

5、 东华大学“三八”红旗手称号，2021

近年来承担的主要科研项目：

1、 国家自然科学基金项目（面上），基于肿瘤异质性的致病通路发现及候选药物组合预测，2022-01-01~2025-12-31，主持

2、 国家自然科学基金项目（面上），基于单细胞多层次组学数据的肿瘤异质性及其调控机制研究，2018-01-01~2021-12-31，主持

3、 国家自然科学基金项目（青年），基于数据挖掘的组蛋白修饰模式发现及转录调控功能研究，2014-01-01~2016-12-31，主持

4、 上海市自然科学基金项目（面上），基于异构网络的肿瘤致病通路挖掘及候选药物筛选算法研究，2021-07-01~2024-06-30，主持

5、 上海市自然科学基金项目（面上），融合多组学数据的肿瘤异质性挖掘及调控机制研究，2017-05-01~2020-04-30，主持

6、 上海市自然科学基金项目（青年），基于生物信息计算的核小体定位模式及其功能研究，2013-10-01~2016-09-30，主持

7、 上海市“晨光计划”人才项目，基于生物计算的组蛋白修饰模式及功能分析，2014-01-01~2016-12-31，主持

8、 中央高校专项资金（重点）项目，2016-1-1~2018-12-30，主持

9、 中央高校专项资金（自由探索）项目，2013-12-1~2015-12-30，主持

10、 上海市智能信息处理重点实验室开放课题，组蛋白修饰模式发现及功能预测研究，2012-12-31~2014-12-30，主持

近年来发表的代表性论著、专利：

1、 Yanglan Gan, Huichun Zhu, Wenjing Guo, Guangwei Xu, Guobing Zou*. Deep Semi-supervised Learning with Contrastive Learning and Partial Label Propagation for Image Data. Knowledge-Based Systems, 245: 1-11, 2022.

2、 Yanglan Gan, Xingyu Huang, Guobing Zou, Shuigeng Zhou, Jihong Guan*. Deep structural clustering for Single-cell RNA-seq data jointly through autoencoder and graph neural network. Briefings in Bioinformatics, bbac018: 1-13, 2022.

3、 Yanglan Gan, Cheng Guo, Wenjing Guo, Guangwei Xu, Guobing Zou*. Entropy-based inference of transitional states and cellular trajectory for single-cell transcriptomics. Briefings in Bioinformatics, 23(4), bbac225: 1-12, 2022.

4、 Yanglan Gan, Ning Li, Cheng Guo, Guobing Zou, Jihong Guan*, Shuigeng Zhou*. TiC2D: trajectory inference from single-cell RNA-seq data based on consensus clustering. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 19(4): 2512-2522, 2022. 

5、 Yanglan Gan, Xin Hu, Guobing Zou, Cairong Yan, Guangwei Xu*. Inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data using bidirectional RNN. Frontiers in Oncology, 12: 1-10, 2022.

6、 Yanglan Gan, Yongchang Xin, Xin Hu, Guobing Zou*. Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomic data by integrating multiple prior networks. Computational Biology and Chemistry, 93: 1-8, 2021.

7、 Guobing Zou, Zhen Qin, Qiang He, Pengwei Wang, Bofeng Zhang, Yanglan Gan*. DeepWSC: Clustering Web Services via Integrating Service Composability into Deep Semantic Features. IEEE Transactions on Services Computing, 15(4): 1940-1953, 2022. (通信作者)

8、 Guobing Zou, Ya Liu, Zhen Qin, Jin Chen, Zhiwei Xu, Yanglan Gan*, Bofeng Zhang, Qiang He*. ST-EUA: Spatio-temporal Edge User Allocation with Task Decomposition. IEEE Transactions on Services Computing, DOI: 10.1109/TSC.2022.3144441, 2022. (通信作者)

9、 Guobing Zou, Jin Chen, Qiang He, Kuan-Ching Li, Bofeng Zhang, Yanglan Gan*. NDMF: Neighborhood-integrated Deep Matrix Factorization for Service QoS Prediction. IEEE Transactions on Network and Service Management, 17(4): 2717-2730, 2020. (通信作者)

10、 Guobing Zou, Tengfei Li, Ming Jiang, Shengxiang Hu, Chenhong Cao, Bofeng Zhang*, Yanglan Gan*, Yixin Chen. DeepTSQP: Temporal-aware Service QoS Prediction via Deep Neural Network and Feature Integration. Knowledge-Based Systems, 241: 1-12, 2022. (通信作者)

主要学术兼职：

1、 中国计算机学会-生物信息专委会 执行委员

2、 中国人工智能学会-自然计算与数字智能城市专委会 委员

3、 上海市计算机学会-人工智能专委会 委员

4、 上海市计算机学会-生物信息专委会 委员

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